格列佛回家不久,就随"冒险号"再次出海,不幸又遇上风暴,船被刮到布罗卜丁内格(大人国).格列佛被一位高达20米的农民捉住.农民带格列佛到全国各大城市展览,最后来到首都.这个农民发财心切,每天要格列佛表演10场,把他累得奄奄一息.当这个农民眼看无利可图时,便把格列佛卖给了皇后.由于小巧伶俐,格列佛在宫廷中非常得宠,但是也常常遭到老鼠,小鸟等动物的侵袭.面对国王,格列佛沾沾自喜地介绍了英国各方面的情况及近百年来的历史,但被国王一一否定.
格列佛在该国的第三年,陪同国王巡视边疆.由于思乡心切,他假装生病,来到海边呼吸新鲜空气.天空中的鹰错把他住的箱子当成乌龟叼了起来.几只鹰在空中争夺,箱子掉进海里,被路过的一艘船发现,格列佛获救后,乘船回到英国.
在家呆了一段时间,格列佛又随"好望号"出海.这一次,格列佛所乘的船遭贼船劫持,格列佛侥幸逃脱,被一座叫"勒皮他"的飞岛救起.这些人的相貌异常,衣饰古怪,整天沉思默想.国王和贵族都住在飞岛上,老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上.格列佛离开飞岛后,来到巴尔尼巴比进行访问,并参观了岛上的"拉格多科学院".这所科学院研究的部是些荒诞不经的课题,结果造成全国遍地荒凉,房屋坍塌,人民无衣无食.
接着,格列佛来到巫人岛.岛上的总督精通魔法,能随意召唤任何鬼魂,格列佛因此会见了古代的许多名人,结果发现史书上的记载很多不符合史实,甚至是非颠倒.尔 后,格列佛又游览了拉格耐格王国,见到一种长生不老人"斯特鲁布鲁格".离开该国后,格列佛来到日本,然后乘船回到英国.